哈佛大牛2篇Nature：现在，我们可以自由替换DNA碱基了！
10月25日，也就是张锋在Science杂志上发表重要基因编辑成果的同一天，来自哈佛大学/Broad研究所的另一位科学家David R. Liu教授在Nature杂志上发表了另一项突破性成果。张锋团队证实了CRISPR可用于编辑人类细胞RNA单个碱基，而Liu教授的研究小组则证明了“魔剪”修改DNA单个碱基的实力。
Researcher David Liu's lab at the Broad Institute developed a method of fixing single-letter misspellings in DNA.
近几年，CRISPR/Cas9基因编辑技术被全球科学家们广泛使用。然而，尽管很容易用它改变基因的功能，但修复点突变一直是个未解的难题。
A——腺嘌呤；T——胸腺嘧啶；C——胞嘧啶；G——鸟瞟呤；根据碱基互补配对原则，A与T配对、C与G配对。（图片来源：网络）
点突变是指由单个碱基改变引发的突变，可分为转换和颠换两类。转换是指嘌呤与嘌呤之间，或嘧啶和嘧啶之间的替换；颠换则是指嘌呤和嘧啶之间的替换。其中，转换突变几乎占所有疾病相关点突变的三分之二，一些这类突变还导致了迄今为止还没有治疗手段的严重疾病。
图片来源：Nature
2016年4月，发表在Nature上的一项研究中，Liu教授带领的团队在全球率先发表了可编辑DNA单个碱基的技术——可将DNA中的C转化为U（尿嘧啶，通常存在于RNA中，在DNA中细胞会把它当作T来阅读），也就是实现C•G碱基对向T•A碱基对的转换。不久后，来自日本神户大学的科学家们也在Science杂志上发表了一项类似的成果。
在实现了C•G向T•A的转换后，科学家们自然想到要开发T•A向C•G转换的技术。Liu教授团队最新发表在Nature杂志上的这篇论文中描述的 “新碱基编辑器”ABE（Adenine Base Editor）实现了科学家们的梦想。
图片来源：Nature
1工作机制
具体来说，ABE的作用机制是：重排目标腺嘌呤（A）中的原子来“顶替”鸟嘌呤（G），然后“诱骗”细胞修复另一条DNA链以完成碱基对的转换。简单总结来说，ABE的功能就是将A•T碱基对转变为G•C碱基对。
ABE让A•T转变为G•C的这种能力非常重要，因为32,000种与疾病相关的点突变中，约有一半被研究人员鉴定为是从G•C到A•T的转变。此外，值得一提的是，与其它基因编辑技术相比，ABE不仅能高效地纠正点突变，且几乎没有造成可被检测到的任何副产物，如随机插入、删除、易位或其他碱基之间（base-to-base）的转换。
2困难之处
对于ABE的成功开发，CRISPR先驱张锋表示：“这个新系统是对基因工程工具箱真正令人兴奋的一个补充。”然而，这份“成果”其实非常来之不易。
开始这个研究项目时，团队已经知道这是非常有风险的，因为，他们要做的第一步就是获得一个并非天然存在的酶。论文的第一作者Nicole M. Gaudelli接受了这个挑战。
Holly Rees, David Liu, and Nicole Gaudelli. (Credit: Casey Atkins)
一开始，Gaudelli使用了一种叫做TadA的酶，它能够将A转变为一种叫做肌苷（inosine，I）的分子。在DNA或RNA合成期间，I起到与G相似的作用。不过，天然的TadA酶只能将RNA中的A转化为I，不能在DNA发挥作用。
为了达到他们的目标，Gaudelli将TadA突变体文库“弄进”细菌细胞中，并且让这些细菌细胞在抗生素存在时，为了存活需要将抗生素抗性基因中的A转换为I。根据这样的设计，能够存活下来的细菌应该编码了具有“将DNA中A转化成为I”这种能力的TadA 突变体。最终，Gaudelli成功获得了她的“理想酶”，并开发出了豪华版的第七代ABEs（ABE7.10）。
ABE7.10非常有效，能够在人类和细菌基因组中将A•T转变为G•C。此外，利用ABE7.10，研究人员在从患者身上获得的细胞中逆转了与遗传学血色病（hereditary hemochromatosis）相关的G-to-A突变。在另一个实验中，ABE7.10插入了一个修复人类细胞血红蛋白基因功能的突变。
Gaudelli说：“对我来说，开发ABE最大的挑战是克服ABE能否从概念变成现实的心理障碍，因为这一碱基编辑器的关键组件并不是天然存在的。我认为，保持信念非常重要。我们要相信，这一分子机器不应该只是一种设想，而是可以被创造出来的。”
3未来可期
Credit : Image courtesy of Susanna M. Hamilton, Broad Communications
与现在被广泛使用的切割DNA双链的CRISPR/Cas9技术相比，从某种意义上来说，碱基编辑器是更精准的工具。Liu教授说：“CRISPR就像剪刀，而碱基编辑器就像铅笔一样。”看Broad研究所的配图（上图），感觉修改基因，就跟修改错别字似的。
Liu教授表示：“拥有这个分子机器是一个好的的开始。我们正在努力将碱基编辑技术转化为用于人类疾病治疗的疗法”。然而，需要强调的是，虽然ABE的发现是令人振奋的一步，但将碱基编辑真正用于治疗遗传病患者前还需要做很多工作，包括测试安全性、有效性以及副作用。
