霍山石斛MYB1R1转录因子密码子选用偏好性分析

摘要通过密码子选用偏好性分析确定霍山石斛转录因子MYB1R1 (DhMYB1R1)最优密码子，为基因表达寻找最适异源受体，从而为基因功能研究提供更理想的验证系统。本研究采用CodonW、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析其密码子选用偏好性参数，并进行了物种间基因组的比较。结果显示，物种间MYB1R1密码子选用偏好性存在一定差异；DhMYB1R1密码子偏好以A或U结尾，虽然该选用偏好性较弱，但显示其更偏向双子叶植物类群；基于MYB1R1编码序列聚类分析得到的进化树比密码子选用偏好性聚类更接近APGIII的分类结果。密码子使用频率比较结果显示：相比属于真核的酵母菌，属于原核生物的大肠杆菌更适宜作为DhMYB1R1基因表达的异源受体，同时烟草比拟南芥及其他单子叶植物更适合作为DhMYB1R1转基因研究的异源受体。本研究结果不仅对霍山石斛基因表达最适异源受体提供了理论依据，同时也对霍山石斛与双子叶植物在进化中较晚分离提供了证据。