独行菜GRAS转录因子家族分析及LaSCL18基因克隆与冷相关性研究

以耐受低温萌发停滞期的种子为实验组，以低温萌发停滞期的种子为对照组，对独行菜(Lepidium apetalum Willd.)种子转录组进行了高通量测序。基于测序数据库资源，本文对独行菜GRAS类转录因子进行了分析，除去冗余，发现独行菜种子共有GRAS家族270个成员。其中138个相对于低温萌发停滞组，在耐受低温萌发的独行菜种子中上调表达，128个下调表达，4个表达水平无差异。进一步选择了一个极显著上调表达的GRAS基因片段，结合同源序列克隆法、采用RT-PCR技术克隆获得该GRAS基因cDNA序列，全长1633bp。通过BLastn同源序列比对分析表明，该全长基因与拟南芥GRAS基因家族SCL18全长基因一致性最高，达到96%，本文将其命名为LaSCL18（GenBank登录号KY466159）。生物信息学分析表明，该cDNA序列编码一个由435个氨基酸组成的开放阅读框、编码蛋白分子质量139.883KD，该蛋白理论等电点为4.97、具有GRAS转录因子家族特有的保守结构域、不具有跨膜区和DNA结合位点，是一个水溶性较好的球状蛋白。实时荧光定量PCR分析表明，独行菜幼苗在低温胁迫处理后LaSCL18基因表达量迅速显著升高，初步推测LaSCL18基因表达与独行菜幼苗耐受低温有关。