万人汉族女性全基因组测序成为世界最大种族基因资源

近期，来自英国牛津、中国华大基因以及美国相关机构的研究人员，在国际学术权威刊物 NATURE 出版集团旗下子刊《Scientific Data》杂志发表了题为“11,670 whole-genome sequences representative of the Han Chinese population from the CONVERGE project”的文章。在这项研究中，研究人员使用重度抑郁症（MDD）CONVERGE（China, Oxford, and Virginia Commonwealth University Experimental Research on Genetic Epidemiology）联盟中 11670 名中国汉族女性的全基因组测序数据（低覆盖度）。这些样本来自中国 23 个省 58 家医院，构成了全世界最大的种族全基因组测序资源。基于这些数据，一共得到了 2 千多万个高质量的基因组 SNP 位点，目前为止是东亚人群最大的 SNP 数据集。基于这些人群 SNP 变异信息，可以成功开展对于重度抑郁症的全基因组关联分析。此外，结合其他群体的数据，还可以进行进化遗传学等方面的研究。

此前，来自英国牛津大学、台湾长庚大学、华大基因和美国弗吉尼亚联邦大学的研究人员，在 Cell 子刊《Current Biology》发表题为“Genetic Control over mtDNA and Its Relationship to Major Depressive Disorder”的成果。研究发现，线粒体 DNA（mtDNA）的数量会发生改变，以响应外部压力：与对照组相比，重度抑郁者的唾液和血液中有显著更多的 mtDNA。在这项研究中，研究人员基于 10442 名中国汉族女性的低覆盖度全基因组测序数据，对 mtDNA 水平进行了第一个全基因组关联研究（GWAS），以探寻什么可能参与了调控 mtDNA 水平的分子通路。研究人员计算了映射到线粒体基因组中的标准读取数，作为 mtDNA 数量的一个衡量。该研究中确定了有助于 mtDNA 水平的两个位点：一个是在 TFAM 基因中，一个是在 CDK6 基因中。这两个位点是在一个独立的阵列中复制的。因此，CDK6 是参与控制 mtDNA 的一个新分子。研究人员确定了 MDD 女性中异质性的增长率，利用小鼠模型从一个实验范式中发现，这种增加可能是因为压力。此外，该研究发现，至少有一个异质性变异与 mtDNA 数量的变化显著相关，从而表明位点特异性的异质性可能是压力和 mtDNA 数量增加之间的一个关联。这些结果指出，线粒体基因组拷贝数和序列，参与了机体对压力的响应。