计算生物学所科研人员受邀在Molecular Cell发表研究专评
10月20日，中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所杨力研究组受邀在Molecular Cell发表了题为“RNA structure switches RBP binding”的专评文章，对该刊同期发表的一项题为“RNA sequence context effects measured in vitro predict in vivo protein binding and regulation”的研究进行了点评和推荐。
高等真核生物中的可变剪接可以从一个前体mRNA分子产生多个成熟的mRNA分子，极大地拓展了基因功能的多样性。已有的研究表明，可变剪接受到具有特殊碱基短序列的顺式调控元件（RNA motif）和识别这些motif的RNA结合蛋白（RNA binding protein, RBP）调控。因此，发现和鉴定具有特殊序列的RNA motif及其相应RBP可以预测受调控的可变剪接。但是，一些最新的生化结合高通量测序分析研究表明，体内大概只有很少的一部分RNA motif（约15-40%）能够与其相应的RBP结合。这提示，除了motif自身的特殊碱基序列以外，还有一些其它的序列／结构特征能够影响RNA motif与相应RBP的结合。在最新一期Molecular Cell上，来自于美国MIT的Christopher B. Burge教授实验室利用多种生化技术，结合计算和进化生物学方法对这一问题进行了系统分析，系统揭示了除了具有特殊碱基序列的RNA motif以外，区域性的RNA二级结构对RBP与RNA motif的结合具有决定性的作用。一方面来讲，当RNA motif序列位于RNA二级结构的单链开放区间时，其与RBP的结合能力较强，可以显著地调控可变剪接的发生；而从另一方面来讲，当RNA motif序列位于RNA二级结构的双链闭合区间时，其与RBP的结合被抑制，因此不能够调控可变剪接的发生。这一最新的研究成果提示区域性RNA二级结构可以作为调控RBP结合RNA motif的重要开关，为进一步建立更精确的RNA可变剪接预测模型提供了全新的研究基础。
杨力研究员一直从事转录组水平的RNA复杂性及其调控研究，在RNA可变剪接、RNA反向剪接产生环形RNA、RNA编辑修饰和长非编码RNA等领域发表了一系列原创性科研成果，多次受邀为Cell、Molecular Cell、WIREs RNA等期刊发表研究专评和撰写综述。（计算生物学所）
区域性的RNA二级结构对RBP与RNA motif的结合具有决定性的作用
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