BGISEQ-500助力完成中国首例输入性裂谷热病毒基因组高通量测序

据报道，2016年7月23日，我国出现首例输入性裂谷热病例，患者汤某在安哥拉出现发热且伴随头痛、肌肉痛、关节痛等症状，入境北京时病情严重，被送往某医院隔离治疗。7月24日，华大基因协助出入境检验检疫部门，对病例样本进行了高通量测序，在最短时间内成功获得了裂谷热病毒全基因组，并利用自主研发的高通量测序平台优势，全面鉴定了病人样本的微生物图谱，为临床干预和治疗提供了依据。

裂谷热（Rift Valley fever）是一种由裂谷热病毒(Rift Valley fever virus, RVFV)引起的、节肢动物传播的急性传染病，主要在牛、羊等动物中传播，也能感染人，被世界动物卫生组织列为A类疫病及8种有可能大规模爆发的致命疾病之一。

据悉，7月23日，广东出入境检验检疫局技术中心卫生检疫实验室（国家生物安全重点实验室）和华大基因开始对从患者血样中提取的核酸样本进行RNA质量检测、高通量测序建库和测序，7月24日获得数据结果。经分析鉴定，科研人员发现样本内存在裂谷热病毒（暂名 Rift Valley fever virus Beijing isolate，RVFV-Beijing），并将获得的序列与NCBI Genbank数据库进行比对分析，发现RVFV-Beijing三个基因组片段与曾在南非卡卡马斯发现的Rift Valley fever virus Kakamas isolate的三个相应片段高度相近，相似度均为98%。

此次裂谷热病毒测序的快速完成，离不开双方的专业合作，还有赖于测序设备及技术的高效性。本次测序基于华大基因自主研发的高通量测序平台BGISEQ-500，测序策略采用了非靶向建库测序技术，这一技术不同于传统PCR目的区域扩增测序方式，能广泛覆盖病原谱。除发现RVFV-Beijing外，科研人员还分析了血清中的微生物组成，发现微生物占总序列数据的0.2‰，其中真菌数据和细菌（含古菌）数据占比最高，分别为80.08%和18.38%。病毒占比1.5%，其中裂谷热病毒占比最高。

首例输入性裂谷热病毒高通量测序是多部门合作的成功事件，也是华大基因对公共卫生事业的社会责任体现。华大基因曾多次参与国家突发公共卫生事件的应急处理，与相关合作单位一起完成了中国第一例SARS病毒的基因组序列、第一例感染人的高致病性禽流感病毒基因组序列、第一株感染人的猪链球菌的基因组序列、新型布尼亚病毒致发热伴血小板减少综合症的发现与诊断、并成功研制了人感染H7N9禽流感诊断试剂；德国2011年爆发大肠杆菌疫情后，华大基因是全球首个破译大肠杆菌全基因组的机构；2014年，非洲埃博拉疫情爆发后，华大基因还与中国疾控中心一起参与了援非计划，完成了上百株埃博拉病毒基因组的破译。