Nucleic Acids Res:中国科技大学史庆华研究组发表miRNA异构体研究新
近日，国际知名期刊杂志《Nucleic Acids Research》在线发表中国科技大学生命学院史庆华教授在miRNA异构体研究进展文章，研究结果题为“DeAnnIso: a tool for online detection and annotation of isomiRs from small RNA sequencing data”。特任副研究员张远伟为论文第一作者，史庆华教授为论文通讯作者。
近年来，随着二代测序技术在small RNA研究领域的广泛应用，证实了miRNA异构体(isomiR)的存在。isomiR在动植物的生理和病理状态下发挥着重要调控作用，但相关的生物信息学资源罕见报道。
为了解决缺乏isomiR系统分析工具的问题，史庆华教授研究组开发了针对二代测序数据的isomiR检测和注释工具-DeAnnIso。该工具可以检测小rna测序数据中的isomiR，并筛选出样本间差异表达的isomiR。对检测到的isomiR提供系统注释，包括isomiR的表达信息、分类信息、基因组SNP信息。用户可以方便地筛选出特定类型的isomiR，利用DeAnnIso提供的靶基因预测和富集分析模块来深入研究isomiR对下游靶基因的影响。该研究组成功利用DeAnnIso对Spo11敲除小鼠睾丸小RNA测序数据进行分析，发现iso-miR-30a-5p在其seed序列存在一个A-G的碱基替换，并特异的识别靶基因Polb。
此外，为了解决isomiR领域缺乏专业数据库的问题，研究组在《BioInformatics》杂志上发表题为“IsomiR Bank: a research resource for tracking IsomiRs”的研究论文。史庆华教授研究组利用自主研发的CPSS算法对来自8个物种的2727组小RNA测序数据进行了深度挖掘，共发现来源于4706种成熟miRNA的308919种isomiR。进一步分析表明，isomiR在物种间存在保守性。
原文链接：
DeAnnIso: a tool for online detection and annotation of isomiRs from small RNA sequencing data
原文摘要：
Small RNA (sRNA) Sequencing technology has revealed that microRNAs (miRNAs) are capable of exhibiting frequent variations fromtheir canonical sequences, generating multiple variants: the isoforms ofmiRNAs (isomiRs). However, integrated tool to precisely detect andsystematically annotate isomiRs from sRNA sequencing data is still in great demand. Here, we present an online tool, DeAnnIso (Detectionand Annotation of IsomiRs from sRNA sequencing data). DeAnnIso can detect all the isomiRs in an uploaded sample, and can extract the differentially expressing isomiRs from paired or multiple samples. Once the isomiRs detection is accomplished, detailed annotationinformation, including isomiRs expression, isomiRs classification, SNPs in miRNAs and tissue specific isomiR expression are provided to users. Furthermore, DeAnnIso provides a comprehensive module of targetanalysis and enrichment analysis for the selected isomiRs. Taken together, DeAnnIso is convenient for users to screen for isomiRs of their interest and useful for further functional studies. The server is implemented in PHP + Perl + R and available to all users for free at:http://mcg.ustc.edu.cn/bsc/deanniso/ andhttp://mcg2.ustc.edu.cn/bsc/deanniso/.
作者：史庆华
