同济大学发布单细胞测序新技术
加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授在五月五日的Genome Biology杂志上发布了自己开发的新测序方法——scMT-seq。这种方法能够同时分析单个细胞的转录组和甲基化组。
单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。这是因为细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组。
加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授领导团队解决了这个问题。他们在五月五日的Genome Biology杂志上发布了自己开发的新测序方法——scMT-seq。这种方法能够同时分析单个细胞的转录组和甲基化组。
研究人员用这种方法对感觉神经元进行研究，揭示了细胞间的转录组和甲基化组异质性。不过，这些差异大多不是启动子甲基化造成的。举例来说，启动子带CpG岛的基因，表达水平与基因体甲基化正相关。这项研究表明，scMT-seq可以用来检测单细胞中的转录组、甲基化组和单核苷酸多态性信息，进而解析表观遗传学基因调控机制。
2013年，范国平教授、薛志刚教授和南京医科大学的刘嘉茵教授用单细胞RNA测序技术揭示了人类和小鼠早期胚胎的遗传程序，并将自己的研究成果发表在Nature杂志上。该项研究成果将在干细胞的纯化、分类及临床治疗领域产生深远的影响，也将为改善人类辅助生殖技术和提高人口出生质量提供帮助。
单细胞基因组学领域近年来发展得非常迅速，为人们揭示了复杂生物学体系的许多重要线索，包括微生物群落的生态多样性和人类癌症的基因组。今年一月Nature Reviews Genetics杂志发表的一篇重要综述，全面介绍了单细胞基因组测序的发展现状。文章的通讯作者是著名科学家、斯坦福大学生物工程系主任Stephen R. Quake。
前不久，克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员开发了首个用于单细胞DNA测序的突变检出程序，Monovar。这一重要成果发表在四月十八日的Nature Methods杂志上，文章通讯作者是MD安德森癌症中心的助理教授Ken Chen博士和Nicholas Navin。Chen博士本科毕业于清华大学，随后在Illinois大学取得博士学位。
作者简介
范国平教授,1995获美国凯斯西储大学神经科学的博士学位，1994-2011年初在麻省理工学院Whitehead Institute做博士后；2001至今任美国加州大学洛杉矶分校医学院人类遗传学系的终身制助理教授、副教授、正教授。在2009年起任同济大学讲座教授。他2007年起任美国国立卫生研究院研究基金特约评审员，美国马里兰州及康奈迪克州干细胞研究基金评审员，中国国家自然科学基金委员会及教育部长江学者海外特约评审员，及Science, Cell Stem Cell, PNAS、Neuron, Nature Neuroscience, Human Molecular Genetics, Stem Cells等多约20本国际杂志的审稿人.
薛志刚，同济大学再生医学系干细胞研究中心，同济医院干细胞临床转化中心，教授、博士生导师。2013年，采用单细胞RNA测序技术揭示了人类和小鼠早期胚胎的遗传程序，研究成果发表在《Nature》杂志上。五年内发表论文20余篇，作为课题负责人获得国家自然科学基金资助两项，多次作为科研骨干参与国家基金委、科技部973、863、国际合作等科研项目，上海市“曙光计划”项目资助。
参考文献：Youjin Hu, Kevin Huang,, Guoping Fan, Guoping Fan. Simultaneous profiling of transcriptome and DNA methylome from a single cell. Genome Biology. December 2016, 17:88. DOI: 10.1186/s13059-016-0950-z
本文来源于：生物通/叶予
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